في 1 مايو 2005، عُقد مؤتمر بعنوان "البحث عن رؤية جديدة في عالم متغير" في إسطنبول بقيادة وقف المنظمات التطوعية في تركيا (TGTV)، بمشاركة أكثر من ثلاثمائة منظمة مجتمع مدني من 40 دولة.
في اليوم الأول للمؤتمر، ألقى رئيس مجلس الأمة التركي الكبير السيد بولنت أرينج كلمة، وفي اليوم الثاني ألقى وزير الخارجية السيد عبد الله جول كلمة أخرى. وفي الجلسة الأخيرة من المؤتمر، تم عرض المسودة الأولى للنظام الأساسي للاتحاد المزمع تأسيسه للنقاش، وبتقييم وتصويت الممثلين المشاركين تقرر تأسيس اتحاد المنظمات غير الحكومية في العالم الإسلامي (İDSB).
وشارك رئيس وزراء الجمهورية التركية السيد رجب طيب أردوغان بشرى تأسيس الاتحاد الجديد مع الرأي العام من تحت قبة مجلس الأمة التركي الكبير.
يهدف الاتحاد إلى بناء تعاون مستدام في إطار القيم المشتركة بين منظمات المجتمع المدني العاملة في مناطق مختلفة من العالم الإسلامي. وقد تم انتخاب نجمي صادق أوغلو كأول أمين عام للاتحاد، والمحامي علي كورت ممثلاً لتركيا، وتم اعتماد إسطنبول مقراً رئيسياً للاتحاد.
اكتسب تأسيس الاتحاد صفة رسمية كمنظمة دولية بموجب قرار مجلس الوزراء بتاريخ 31 ديسمبر 2005، وفي إطار القانون رقم 3335 الخاص بتأسيس الهيئات ذات الطابع الدولي.
ومنذ عام 2022، يتولى أيوب أكبال مهام الأمانة العامة للاتحاد. ويواصل الاتحاد أنشطته تحت شعار "6 قارات، 66 دولة، أمة واحدة"، ويضم حالياً 401 منظمة عضو.
