تُعد الأمانة العامة الهيكل التنظيمي المهني المسؤول عن تسيير كافة الأعمال المكتبية الإدارية والفنية واستلام الوثائق والمراسلات الخاصة بالاتحاد. وتتألف من الأمين العام، وأربعة نواب للأمين العام، وكادر مؤهل من الموظفين الإداريين والفنيين برئاسة المنسق العام.

يمثل الأمين العام الاتحاد بصفته صاحب الصلاحية والمسؤولية الإدارية، ويتولى تعيين موظفي الاتحاد وإنهاء خدماتهم عند الضرورة.

يتولى المنسق العام، باعتباره المسؤول التنفيذي الأعلى بين موظفي الاتحاد، إدارة الأعمال المكتبية وتسييرها، ويقدم بالتعاون مع مساعديه الدعم المهني لأنشطة هيئات الاتحاد وأجهزته. وتزاول الأمانة العامة أعمالها في المقر الرئيسي للاتحاد.